Frage:
Ich verstehe nicht ganz, wo man die Modul-Position angibt. In deinen Unterlagen steht sowohl, dass das im Modul-Manager von Joomla! steht, als auch, dass man diese Anweisungen in der CSS-Datei angibt(weil darüber die Darstellung nach Aufruf im Browser dynamisch zusammengestellt wird?). Zumindest verstehe ich das so.

Antwort:
Ja, es ist genauso wie Du beschreibst.
Die wichtigsten Infos zu den Modulen Postitionen nochmal zusammengefasst.

Mit der PHP-Anweisung:

<?php mosLoadModules('position'); ?>

werden im Template die Module eingebaut. Das kann beispielsweise die Suchfunktion sein, die letzten Nachrichten und WICHTIG auch die Menues werden mit der oben genannten PHP-Anweisung im Template integriert.

In der Klammer der PHP-Anweisung gibt man dann die Position für das Module an. z.B.  left, right, top, user1, user2, ...

Im Module-Manager stellt man dann für die einzelnen Module die Positionen ein. z.B. Für das Modul 'Search' die Position 'top', für die letzten Nachrichten die Position 'right', das MainMenu die Postion 'left', etc. 

Die Module werden dann an den Stellen im Template (im Layout) aufgerufen, an denen man die PHP-Anweisungen integriert hat. 

Steht zum Beispiel ganz am Anfang in der index.php die Anweisung,

<?php mosLoadModules('left'); ?>

wird ganz oben im Layout das Module  aufgerufen, dem man im Module-Manager die Position 'left' zugewiesen hat.